El área Monitoreo y Evaluación tiene el propósito de identificar las demandas y necesidades en las temáticas de Ciencia, Tecnología e Innovación mediante el diseño de sistemas de evaluación por resultados e impactos de la ciencia, la investigación y la innovación, a través de metodologías para el seguimiento de la ejecución de los planes estratégicos y operativos de la institución, así como los programas, proyectos, y actividades desarrolladas; de igual forma es responsable del desarrollo de evaluaciones internas y externas de los programas y proyectos realizados dentro del Plan Estratégico que permitan detectar y determinar los cambios que se presenten en el contexto interno y externo de los programas e informar sobre las fortalezas, ventajas y debilidades de los mismos para recomendar los ajustes necesarios para su efectividad.
Las acciones de Monitoreo y Evaluación responden al mandato del “Programa de Gobernanza” de la Política Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación y al Plan Nacional 2015-2019 que establece “Fortalecer la capacidad de planificación y evaluación de políticas y programas y el desarrollo de una estrategia de monitoreo vinculada a las metas nacionales”.